कूनो राष्ट्रीय उद्यान वन्यजीवों के साथ-साथ अनेक प्रजातियों के पक्षियों का भी निवास स्थान है 2007 में इस राष्ट्रीय उद्यान में वन्यजीवो और सर्वेक्षण किया गया इस सर्वेक्षण की रिपोर्ट के अनुसार इस राष्ट्रीय उद्यान में कुल 129 पक्षियों की प्रजातियां पाई जाती है इस राष्ट्रीय उद्यान में पाई जाने वाली पक्षियों में भारतीय सफेद पीठ वाला गिद्ध , लाल गिद्ध , मिस्र का गिद्ध , कई प्रकार के बाज , चित्तीदार उल्लू पश्चिमी मार्श हैरियर , पाइड हेरियर , मोंटागु के हेरियर , भारतीय मौर , ग्रे फ्रेंकोलिन , यूरेशियन नाइटजर , जंगली नाइटजर , सारस , तोता और इंडियन पैराडाइज फ्लाईकैचर शामिल हैं।
