ऊपरी महानदी बेसिन में जल संसाधन की प्रचुरता है लेकिन जल का विवेकपूर्ण उपयोग न होने के कारण पर्यावरणीय संतुलन बिगड़ रहा है। अत: जल संसाधन संबंधी समस्या उत्पन्न हो गई है। प्रमुख समस्याएँ निम्नलिखित हैं -
1. जल की कमी
2. भूमिगत जल संसाधन का अति विदोहन
3. धरातलीय जल का उचित प्रयोग न कर पाना
4. निरंतर कृषि भूमि का विस्तार
5. शहरीकरण एवं उद्योगीकरण
6. जल का अनावश्यक उपयोग
7. वर्षा के पानी
8. जलाशयों एवं जल संग्रह क्षेत्रों की कमी, एवं
9. जलशोधन संयंत्रों की कमी।