पाचक एंजाइम्स पाचक रसों में उपस्थित होते हैं जो पाचक ग्रन्थियों से उत्पन्न होते हैं। प्रत्येक ग्रन्थि का पाचक एंजाइम विशिष्ट प्रकार का होता है जिसका कार्य भी विशिष्ट हो सकता है। ये पाचक एंजाइम भोजन के विभिन्न पोषक तत्त्वों को जटिल रूप से सरल रूप में परिवर्तित करके घुलनशील बनाते हैं। ठदाहरणार्थ लार में उपस्थित सैलाइवरी एमाइलेज (टायलिन) कार्बोहाइड्रेट को माल्टोज शर्करा में परिवर्तित कर देता है। इसी प्रकार से पेप्सिन प्रोटीन को पेप्टोन में परिवर्तित करता है। अग्नाशय अग्नाशयिक रस का स्रावण करता है जिसमें ट्रिप्सिन नामक एंजाइम होता है जो प्रोटीन का पाचन करता है ।