27 जनवरी,1556 को दिल्ली के किले दीनपनाह के शेरमंडल नामक पुस्तकालय की सीढ़ी से गिरकर हुमायूं की मृत्यु हो गई. हुमायूं को दिल्ली में ही दफनाया गया. दिल्ली में यमुना नदी के किनारे 1535 ई में हुमायूं ने ही दीन- पनाह नामक नए शहर की स्थापना की थी. हुमायूं की मृत्यु के बाद 1556 में उसका बेटा अकबर मुगल साम्राज्य का सम्राट बना.