मुस्लिम लीग का प्रथम अध्यक्ष आगा खां था। 30 दिसंबर, 19069 को जब ढाका में मुहम्मडन एजूकेशनल कॉन्फ्रेंस की बैठक हो रही थी तभी उस अधिवेशन को ढाका के नवाब सलीमुल्ला खां के नेतृत्व में अखिल भारतीय मुस्लिम लीग के गठन की घोषणा की गई। लीग का प्रथम अधिवेशन 1907 ई. में हुआ, जिसकी अध्यक्षता आगा खां ने की थी। 1908 में आगा खां को मुस्लिम लीग का स्थाई अध्यक्ष बनाया गया। उसी वर्ष अलीगढ़ के अधिवेशन में चालीस सदस्यीय एक केंद्रीय समिति की स्थापना की गई।